Mục tiêu lập quy hoạch nhằm xác định đầy đủ giá trị lịch sử, kiến trúc nghệ thuật của chùa Vĩnh Nghiêm, góp phần làm sáng tỏ thêm giá trị lịch sử, văn hóa của di sản văn hóa Phật giáo Trúc Lâm Yên Tử và xác định phương hướng bảo tồn di tích, di vật, bảo vật và di sản văn hóa phi vật thể, không gian lịch sử, văn hóa gắn với di tích và cảnh quan, môi trường xung quanh nhằm đưa chùa Vĩnh Nghiêm thành trung tâm văn hóa, tín ngưỡng gắn với Phật giáo Trúc Lâm Yên Tử; kết nối chùa Vĩnh Nghiêm với các di tích lịch sử - văn hóa, danh lam thắng cảnh của tỉnh Bắc Giang và đặc biệt là quần thể di tích vùng Yên Tử để tạo thành một sản phẩm du lịch văn hóa phong phú.

Đồng thời, xác định ranh giới bảo vệ di tích làm cơ sở quản lý và cắm mốc giới di tích; chức năng và chỉ tiêu sử dụng đất cho khu vực di tích, khu dân cư, khu vực bảo vệ môi trường sinh thái; tổ chức không gian và bố trí hệ thống hạ tầng phù hợp với các giai đoạn bảo tồn và phát huy giá trị di tích; định hướng kế hoạch, lộ trình và nhóm giải pháp tổng thể quản lý, đầu tư xây dựng, tu bổ, tôn tạo và phát huy giá trị di tích.

Quy hoạch là căn cứ pháp lý cho công tác quản lý và triển khai các dự án thành phần bảo tồn và phát huy giá trị di tích theo đồ án quy hoạch được duyệt; xây dựng các quy định quản lý, kiểm soát không gian quy hoạch kiến trúc cảnh quan khu vực di tích, các giải pháp quản lý và bảo vệ di tích.

Theo quy hoạch, Chùa Vĩnh Nghiêm, tỉnh Bắc Giang là một trong những trung tâm Phật giáo Trúc Lâm Yên Tử và là nơi lưu giữ mộc bản, di sản tư liệu Chương trình Ký ức thế giới.

Phạm vi nghiên cứu lập quy hoạch bao gồm toàn bộ khu vực bảo vệ I và bảo vệ II của di tích quốc gia đặc biệt Di tích lịch sử và kiến trúc nghệ thuật chùa Vĩnh Nghiêm có diện tích 2,04527ha, trong đó diện tích khu vực bảo vệ I là 0,90678 ha, diện tích khu vực bảo vệ II là 1,13849ha.

Phần đất mở rộng nằm liền kề di tích, gồm: Khuôn viên di tích chùa Vĩnh Nghiêm mới được mở rộng về phía Đông; đất dân cư thôn Quốc Khánh, xã Trí Yên; đất bãi ven sông Lục Nam; đất các công trình hạ tầng kỹ thuật; đất nông nghiệp (chủ yếu là đất ruộng xen kẹt).

Nội dung nhiệm vụ Quy hoạch chủ yếu gồm: Nghiên cứu, khảo sát, đánh giá hiện trạng di tích; xác định các vấn đề trọng tâm, các vấn đề cần ưu tiên giải quyết; xác định quan điểm, mục tiêu (dài hạn và ngắn hạn) của quy hoạch tổng thể di tích; dự báo phát triển và các chỉ tiêu kinh tế - xã hội của khu vực; định hướng quy hoạch bảo tồn, bảo quản và phát huy giá trị di tích...