Chùa Yên Phú xưa kia có tên là Thanh Vân Cổ tự, sau này đổi tên là Khánh Hưng tự. Nhân dân địa phương vẫn quen gọi là chùa Yên Phú. Ngôi cổ tự Yên Phú nằm ở xã Liên Ninh, huyện Thanh Trì, thuộc cửa ngõ phía Nam Thủ đô Hà Nội cạnh đường Quốc lộ 1A, được kiến lập vào những năm đầu Công nguyên (cách đây khoảng trên 2.000 năm).

Đây là ngôi chùa có lịch sử xa xưa nhất trong lịch sử Phật giáo Việt Nam, ngôi chùa có ý  nghĩa vô cùng quan trọng trong công cuộc bảo vệ đất nước và gắn bó với dân tộc nên đã được Nhà nước xếp hạng di tích lịch sử năm 1989 và tặng thưởng Huân chương Kháng chiến hạng Nhất.

Chùa Yên Phú tồn tại qua nhiều thời kỳ khác nhau trong lịch sử dân tộc. Nơi đây đã từng nuôi dưỡng, đào tạo nên những vị tướng tài giỏi như Công chúa Phương Dung, Trung Vũ và Đài Liệu, là những vị tướng giỏi góp phần không nhỏ vào chiến thắng của cuộc khởi nghĩa Hai Bà Trưng. Hiện trong chùa còn tượng thờ 3 vị tướng quân. Trong chùa còn lưu giữ cuốn Thần Phả niên hiệu Hồng Phúc (1572) ghi lại sự tích của Phương Dung công chúa và Trung Vũ, Đài Liệu tướng quân, cùng 23 đạo sắc phong của các Triều đại từ Lê Trung Hưng (1639) tới các Triều đại cuối nhà Nguyễn (1924).

Chùa Yên Phú còn là địa điểm tập kết của Nghĩa quân Tây Sơn do Vua Quang Trung - Nguyễn Huệ chỉ huy tiến quân từ Ngọc Hồi vào Đống Đa đánh tan 29 vạn quân Mãn Thanh, giải phóng Kinh thành Thăng Long (1789).

Chùa cũng là nơi diễn ra và chứng kiến sự kiện lịch sử cách mạng của địa phương trong thời kỳ đầu cách mạng và 2 cuộc kháng chiến chống Pháp và chống Mỹ của dân tộc, các tài liệu ghi lại như sau:

Trong giai đoạn 1946-1954, chùa Yên Phú được chọn là cơ sở hoạt động của Chi bộ Đảng xã Liên Ninh. Nhà sư Đàm Nghi, trụ trì chùa Yên Phú, đã tham gia mặt trận Việt Minh. Nhiều lần, thực dân Pháp và ngụy quyền tổ chức vây ráp, nhưng nhờ sự che chở của nhà chùa, sự đấu tranh khéo léo của Sư trụ trì mà cơ sở Đảng vẫn được giữ vững ngay trước mắt kẻ thù. Chi bộ Đảng Liên Ninh vẫn lãnh đạo nhân dân địa phương tham gia kháng chiến đánh đuổi quân thù. Cũng trong thời gian này, chùa Yên Phú còn là nơi đón tiếp các đảng viên, cán bộ Việt Minh vượt ngục từ Nhà tù Hỏa Lò (Hà Nội) ra.

Trong cuộc kháng chiến chống chiến tranh phá hoại của đế quốc Mỹ (1964 - 1972) ở Miền Bắc Việt Nam, chùa Yên Phú được Bộ Quốc phòng chọn làm kho hậu cần để tiếp viện cho các đơn vị bộ đội bảo vệ Thủ đô. Bên cạnh việc dành chùa làm kho hậu cần cho bộ đội, sư trụ trì chùa Yên Phú còn dành đất đai, nhà cửa cho một số cơ quan của Trung ương và Thành phố Hà Nội sơ tán về đây làm trụ sở duy trì công việc được an toàn suốt thời kỳ kháng chiến chống Mỹ.

Căn cứ hồ sơ lịch sử của Chùa, ngày 22/3/1988 Bộ trưởng Bộ Văn hóa đã ký Quyết định số 191/VH-QĐ công nhận chùa Yên Phú là di tích lịch sử (địa điểm lịch sử) – nơi tập kết, đóng đồn của Nghĩa quân Tây Sơn.

Trải qua thời gian khắc nghiệt và chiến tranh tàn phá, chùa đã nhiều lần được tu bổ, tôn tạo nhưng đến nay một số bộ phận đã xuống cấp nghiêm trọng. Vì vậy, thể theo nguyện vọng của nhân dân địa phương, cùng các Tăng – Ni – Phật tử, trên cơ sở thỉnh cầu của Thượng tọa Thích Thọ Lạc – Trụ trì chùa Yên Phú kiêm Trưởng Ban Kiến thiết xây dựng chùa Yên Phú, được sự chấp thuận của Cục Bảo tồn Di tích lịch sử thắng cảnh – Bộ Văn hóa – Thể thao và Du lịch, UBND thành phố Hà Nội, UBND huyện Thanh Trì, xã Liên Ninh và các Sở Ban ngành đoàn thể của Thành phố, ngày 30/7/2008 Sở Xây dựng Hà Nội đã cấp Giấy phép số 93/GP-XD cho phép trùng tu tôn tạo công trình chùa Yên Phú trong khuôn viên thửa đất có diện tích 4.152 m2. Chùa có quy mô 2 tầng và 1 tầng trệt. Tổng diện tích sàn xây dựng là 3.351,5 m2 với tổng mức đầu tư trên 40 tỷ đồng. Toàn bộ nguồn kinh phí đều do nhân dân địa phương, Tăng Ni Phật tử thập phương trong và ngoài nước và một số doanh nghiệp phát tâm công đức…

Đây là một công trình thiết kế và thi công theo hướng vừa đảm bảo được nét cổ truyền, đương đại, có giá trị văn hóa, lịch sử, tâm linh, tạo nên điểm nhấn của cửa ngõ phía Nam Thủ đô Hà Nội … Chùa sẽ góp phần tô điểm thêm cho Thủ đô Hà Nội to đẹp hơn, đàng hoàng hơn như ước nguyện của Tăng – Ni – Phật tử và nhân dân hằng mong muốn từ nhiều năm nay. Trong tương lai sẽ là điểm du lịch hấp dẫn đối với du khách trong và ngoài nước. Khi đi vào sử dụng, nơi đây vừa là nơi lễ cầu nguyện cho quốc thái dân an, thế giới hòa bình an lạc, vừa là nơi để tưởng niệm nhớ tới các anh hùng, nghĩa quân Tây Sơn, các liệt sỹ, các cán bộ cách mạng đã hy sinh cho sự nghiệp giải phóng dân tộc, từ thời kỳ Hai Bà Trưng cho tới cuộc kháng chiến chống Pháp, chống Mỹ vừa qua. Chùa phấn đấu hoàn thành vào dịp Đại lễ kỷ niệm 1000 năm Thăng Long-Hà Nội.

Ni sư Phương Dung

Theo cuốn Thần Phả còn lưu giữ tại Chùa Yên Phú thì chùa là nơi tu hành của nhà sư nữ Phương Dung, người đã cùng hai người con nuôi của mình là Trung vũ và Đài Liệu giúp Hai Bà Trưng dẹp giặc từ những năm đầu Công nguyên (năm 40-42). Thần phả ghi lại như sau: Vào thời Đông Hán, ở làng Lưu Hàm, huyện Thượng Hiền, phủ Nghĩa Hưng, đạo Sơn Nam Hạ có Trương Công Điều, lấy vợ là Phùng Thị Huệ. (Ông bà) sinh được mấy người con trai, sau này sinh thêm con gái, đặt tên là Phương Dung. Năm vừa tròn 16 tuổi, nàng nguyện không lấy chồng, một lòng mộ theo đạo Phật. Một ngày nọ, (nàng) đến huyện Thanh Trì (xưa gọi là Thanh Đàm), châu Thường Tín, thành Thăng Long (tên xưa là phủ Phụng Thiên), khi đến đầu làng Yên Phú thấy cảnh quan nơi đây kỳ diệu, bốn bề phóng khoáng đẹp đẽ, bèn cùng dân làng dựng một ngôi chùa đặt tên là Thanh Vân cổ tự và nguyện ở lại nơi đây sớm khuya hương khói.

Thời ấy, vua nhà Hán sai Tô Định đem quân xâm lược nước ta. Bà Trưng phất cờ dấy binh, truyền hịch khắp nơi kêu gọi anh tài hào kiệt ra dẹp giặc, cứu nước. Nghe tin, Phương Dung cùng Trung Vũ và Đài Liệu bàn định kế hưởng ứng lời hiệu triệu của Bà Trưng. Chỉ trong một ngày, họ đã chiêu mộ được mấy nghìn binh lính, rồi truyền lấy 25 tráng đinh của trang Yên Phú cho làm gia thần giúp việc. Sau đó, Phương Dung cùng Trung Vũ và Đài Liệu lệnh cho quân sĩ lên đường tới Hát Môn tụ nghĩa dưới cờ của Hai Bà Trưng nguyện giết giặc trả nợ nước. Bà Trưng phong cho Trung Vũ và Đài Liệu làm Tả Tướng quân và Hữu Tướng quân, chia quân đi diệt Tô Định. Chỉ trong một thời gian ngắn, nghĩa quân của Hai Bà Trưng đã đánh tan quân giặc do Tô Định cầm đầu, thu phục 65 thành.

Giặc tan, Hai Bà Trưng lên ngôi vua và ban tước lộc khao thưởng tướng sĩ có công. Nhà vua phong cho Phương Dung làm Công Chúa, Trung Vũ làm Tả Tướng Quân và Đài Liệu làm Hữu Tướng Quân. Sau đó cho ba mẹ con bà Phương Dung về thăm quê là trang Yên Phú, huyện Thanh Đàm để bái tạ tổ tiên, làng xóm. Nhà vua sai nhân dân sửa sang chùa miếu để sau này thờ phụng Phương Dung cùng Trung Vũ và Đài Liệu. Lại ban cho 300 mẫu ruộng, miễn tạp dịch cho dân làng Yên Phú.

Đến đời Lê Đại Hành, vào những năm Thiên Phúc (980 - 988), khi kê cứu bách thần, thấy Trung Vũ, Đài Liệu và Phương Dung có công lớn với dân với nước nên đã xác nhận lại sắc chỉ của Trưng triều và gia phong mỹ tự cho Thánh Mẫu Phương Dung là: Trinh Thục Chí Đức, Đoan Trang Cẩn Tiết Hoàng Thái Hậu. Phong cho nhị vị: Hộ Quốc Khang Dân, Phù Vận Đương Uy Dực Thánh Bảo Canh, Hiên Hựu Trợ Thuận Linh Ứng Đại Vương, Bản Cảnh Thành Hoàng.

Kế tiếp các triều đại sau đều có sắc phong, nhưng vì trải qua năm tháng thiên tai địch họa, ngày nay chỉ còn giữ lại được hai mươi ba đạo sắc. Các đạo sắc của triều Lê hiện còn giữ lại được đến giờ, đạo sắc sớm nhất là vào năm Dương Hòa thứ 5 (1639), bản muộn nhất là vào năm Khải Định thứ 9 (1924) thời Nguyễn.

Hiện trong địa phận thôn Yên Phú, xã Liên Ninh vẫn còn giữ khu đất đặt ngôi mộ và lăng thờ nơi Ni Sư Phương Dung mất và hài cốt được án táng tại đó. Cạnh đó có một ngôi miếu thờ hai tướng quân Trung Vũ và Đài Liệu. Từ xưa đến nay, khu vực này là nơi diễn ra các nghi thức tế lễ, rước kiệu của nhân dân địa phương.

Trước giá trị lịch sử, văn hóa của chùa Yên Phú và nhân vật Ni sư Phương Dung, chính quyền thành phố Hà Nội đang chỉ đạo các cơ quan chức năng, chính quyền địa phương cùng nhà nhà khoa học tổ chức nghiên cứu nhằm bảo tồn và phát huy các giá trị của ngôi chùa và xem xét tôn vinh Ni sư Phương Dung là danh nhân Phật Giáo tiêu biểu của Việt Nam.

Ngày xuân, du khách đi vãn cảnh chùa ở thủ đô Hà Nôi để tìm hiểu về lịch sử, văn hóa đất nước là một truyền thống lâu đời của người dân Việt Nam và cũng rất hấp dẫn các du khách quốc tế. Tại Ngôi chùa Yên Phú, quý du khách sẽ được hồi tưởng ngược dòng lịch sử cách đây 2000 năm với nhừng giá trị văn hóa lịch sử đặc sắc, tái hiện thời kỳ đầu dựng nước, với vẻ đẹp kỳ diệu của vị nữ vương Hai Bà Trưng trong đó có nhân vật Ni sư Phương Dung tiêu biểu cho các Ni sư của lịch sử Phật Giáo Việt Nam, kế tiếp là cả một lịch sử hào hùng, vĩ đại cùa dân tộc Việt Nam chúng ta.

 Văn hóa Phật giáo Việt nam